Plusieurs mandats dans les domaines de la cardiologie et chirurgie pédiatrique cardiaque invasive et des soins intensifs pour prématurés et nouveau-nés à terme ont été attribués par l'Organe de décision MHS à l’Hôpital des enfants en raison de ses compétences pointues, de ses équipements sophistiqués, de sa capacité à respecter les standards de qualité et à innover.
D'autres sont en cours d'attribution dans le domaine de l'oncologie pédiatrique.
C’est également le cas pour le Centre suisse du foie de l’enfant, abrité aux HUG, qui est le seul centre habilité en Suisse à procéder à des transplantations hépatiques pédiatriques et qui est une référence nationale et internationale en matière de maladie du foie chez l’enfant.